En la temporada 2012-13, en el Torneo Inicial 2012, tendría mucha más continuidad y jugaría trece partidos, dentro de los cuales, frente a River Plate su equipo consiguió el empate 2 a 2 al final del agónico encuentro gracias a una jugada que él inició. El 9 de enero del 2012, Neymar ganaría el Premio Puskás al gol del año, cuando en julio del 2011 anotó un gol tras regatear a tres defensores y al arquero en la derrota por 5 a 4 contra el Flamengo por el Brasileirao.
