Además, en el tiempo que pasó entre el fin de la guerra y la fundación de la Bundesliga en 1963 el Werder Bremen estaba reconocido como el gran club de fútbol del norte del país junto con el Hamburgo. En noviembre de 1945 sin embargo lograron reconstruirse como equipo bajo el nombre de Turn-und Sportverein Werder Bremen 1945, que cambiaría de nuevo en febrero de 1946 a SV Grün-Weiß 1899. El equipo disputaría la Bremen Stadtliga, de la que se proclamaría campeón para después formar parte del campeonato alemán del Norte, llegando hasta los cuartos de final.
